В 2000 году окончил Кубанский государственный технический университет по специальностям «Автоматика и управление в технических системах» и «Менеджмент», а в 2009 году – ГОУ ВПО «Кубанский государственный университет» по специальности «Юриспруденция в сфере гражданско-правовых отношений».
С 2001 по 2002 г. работал в коммерческих структурах, курируя вопросы поддержки сельхозтоваропроизводителей. С 2002 по 2012 г. занимал различные должности в Департаменте сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Краснодарского края. С 2012 по 2013 г. был на должности первого заместителя директора, а затем и директора, курируя вопросы информационно-аналитических систем. В 2013 году являлся помощником заместителя главы администрации Краснодарского края. С 2013 по 2015 г. занимал должность начальника управления информатизации и аналитических систем Министерства сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности Краснодарского края. С 2016 по 2018 г. работал в Министерстве сельского хозяйства Российской Федерации советником Министра, после чего был назначен Директором Департамента цифрового развития и управления государственными информационными ресурсами АПК. С 2018 по 2020 г. являлся советником Министра транспорта Российской Федерации. С 2020 по 2021 г. занимал должность заместителя председателя правления по интеллектуальным транспортным системам и цифровизации Государственной компании «Российские автомобильные дороги». В 2021 г. получил должность заместителя директора ФГБУ «РосАПКимущество», а затем работал в Департаменте земельной политики, имущественных отношений и госсобственности Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.
В феврале 2023 г. И.С. Козубенко возглавил ФГБУ «Россельхозземмониторинг» на должности врио директора, а в апреле 2025 г. был назначен директором. Награжден Почетной грамотой Министерства сельского хозяйства Российской Федерации (2016 г.) и званием «Почетный работник агропромышленного комплекса России» (2024 г.) Имеет Медаль Федеральной службы государственной статистики (2017 г.)